Program ini diperuntukkan kepada para gembala, pendeta, penginjil, pengusaha, professional, para medis, praktis hukum, dan lain-lain yang rindu mendalami Alkitab dan meningkatkan kualitas pelayanan. Melalui program ini mahasiswa dipersiapkan menjadi pengajar, pengkhotbah, pemimpin yang efektif dan menjadi konselor yang kompeten. Program ini dapat diikuti oleh mahasiswa yang telah memiliki ijazah Sarjana Teologi, Pendidikan Agama Kristen dan Sarjana Umum.

Program Magister Teologi memiliki izin operasional dari Bimas Kristen Kemenag RI dengan SK. No. DJ.III/Kep/HK.00.5/219/2021, dan telah terakreditasi BAN-PT dengan SK. No. 3552/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/VI/2020.

Program Magister Teologi diajar oleh dosen-dosen yang berpengalaman dan memiliki kemampuan akademik di bidangnya masing-masing, antara lain:

Dosen Tetap 

1. Dr. Adolf Bastian Butarbutar, M.Th.
2. Dr. A. Suwandi D., M. Th.
3. Dr. Herry M. Saragih, M.Th.
4. Dr. Daniel Maniur Nainggolan, M.Th.
5. Dr. Yulius L. Ride, M.Th.
6. Dr. Vroly Ruth Wowor, M.Pd.K.
7. Dr. Edward Butarbutar, M.Pd.K.
8. Dr. Jacob Mesakh, M.Pd.

 Dosen Tidak Tetap 

1. Prof. Dr. Abraham Oh., Ph. D.
2. Prof. Dr. Jimmy Sinaulan, M.M., M.Th.
3. Prof. Dr. Hoga Saragih, S.T., M.T., IPM.
4. Dr. Jonston Silitonga, S.Th, M.Mis.
5. Dr. Jannes Eduard Sirait, M.Pd.K.
6. Dr. Abdon Amtiran, M.Th.