Program ini dipersiapkan bagi mahasiswa yang rindu melayani melalui jalur pendidikan atau ingin menjadi tenaga pengajar atau pendidik yang professional, berkarakter Kristen dan berkarya. Melalui program ini mahasiswa akan diperlengkapi dengan pengetahuan Alkitab dan metode, tehnik mengajar yang baik. Program ini dapat diikuti oleh mahasiswa yang memiliki Sarjana Pendidikan Kristen dan Sarjana Teologi dengan sistem kuliah intensive.

Program Magister Pendidikan Agama Kristen memiliki izin operasional dari Bimas Kristen Kemenag RI dengan SK. No. DJ.III/Kep/HK.005/218/2021, dan telah terakreditasi BAN-PT dengan SK. No. 1177/SK/BAN-PT/Akred/M/IV/2017.

Program Magister Teologi diajar oleh dosen-dosen yang berpengalaman dan memiliki kemampuan akademik di bidangnya masing-masing, antara lain:

Dosen Tetap 

1. Dr. Adolf Bastian Butarbutar, M.Th.
2. Dr. A. Suwandi D., M. Th.
3. Dr. Herry M. Saragih, M.Th.
4. Dr. Daniel Maniur Nainggolan, M.Th.
5. Dr. Yulius L. Ride, M.Th.
6. Dr. Vroly Ruth Wowor, M.Pd.K.
7. Dr. Edward Butarbutar, M.Pd.K.
8. Dr. Jacob Mesakh, M.Pd.

 Dosen Tidak Tetap 

1. Prof. Dr. Abraham Oh., Ph. D.
2. Prof. Dr. Jimmy Sinaulan, M.M., M.Th.
3. Prof. Dr. Hoga Saragih, S.T., M.T., IPM.
4. Dr. Jonston Silitonga, S.Th, M.Mis.
5. Dr. Jannes Eduard Sirait, M.Pd.K.
6. Dr. Abdon Amtiran, M.Th.